Las líneas de investigación del CIAE están orientadas a la determinación de las Buenas Prácticas Agroecológicas en los cultivos de Kiwi (Actinidia chinensis), Trigo (Triticum aestivum) y Papa (Solanum tuberosum), que son las alternativas productivas en el sudeste bonaerense. Otras de las iniciativas del Centro es trabajar en el sello “Producto Agroecológico”, para lo cual se conformará una “Mesa Agroecológica” integrada por las instituciones que participan de las actividades del territorio vinculadas a las producciones agrícolas, a saber: CIC, INTA, CEA Nº1, PROHUERTA, FCA (UNMdP), Agricultura Familiar de PBA y demás instituciones relacionadas.