Los hongos constituyen más del 50% de la comunidad microbiana en suelos agrícolas. Cumplen funciones en la degradación de restos orgánicos favoreciendo procesos de liberación de nutrientes, formación de humus y generación de agregados estables. Su presencia en el suelo responde de manera sensible a los cambios producidos en el ambiente por los distintos manejos aplicados, resultando un indicador útil para analizar esas alteraciones.