Los cambios de las formas más activas de la materia orgánica (MO) a formas intermedias o pasivas favorece el secuestro de carbono (C) en los suelos. Los objetivos del trabajo fueron i) evaluar los cambios de largo plazo en las fracciones recalcitrantes de C y nitrógeno (N) y ii) calcular el índice de recalcitrancia (IR) de estas fracciones en un suelo ubicado en un sitio subhúmedo del sudoeste bonaerense. La experiencia se realizó sobre un ensayo de larga duración en un suelo Argiudol Típico con dos sistemas de labranza contrastantes: labranza convencional (LC) y siembra directa (SD). Se tomaron muestras de suelo en los años 2003, 2009 y 2015 en las profundidades de 0-5 y 0-20 cm. Se determinó C orgánico total (COT), N total (Nt), C y N orgánico recalcitrante (COR y NOR). Además se calculó el IR de C (IRC) y de N (IRN). Los niveles de COT y Nt fueron mayores en SD en ambas profundidades y para todos los años. El COR en la profundidad 0-5 cm mostró diferentes efectos tanto por la labranza como por los años En 0-20 cm, sólo mostró diferencias significativas (p<0,05) entre años, sin efecto por la labranza. Por otra parte, el NOR evidenció diferencias altamente significativas entre sistemas de labranza y años en 0-5 cm, y diferencias significativas entre años para 0-20 cm. El IRC en superficie mostró diferencias entre los sistemas de labranza. La mayor acumulación del C y N en SD no resultó en una mayor humificación de las fracciones lábiles a formas estables. El secuestro de C en superficie mostró variabilidad con respecto al tiempo, mientras que en 0-20 cm no demostró estar asociado a los sistemas de labranza pero sí al efecto del año.