Orientado al estudio de los macro y mesoinvertebrados que habitan los fondos de los ambientes acuáticos continentales tanto en sus aspectos taxonómicos como ecológicos. Entre los taxones más comunes incluidos en estos sistemas, se encuentran los crustáceos, moluscos, insectos, anélidos, nematodos y otros que habitan los sedimentos blandos y duros, y constituyen una comunidad muy diversa y abundante. Estos organismos juegan un papel esencial en la transferencia de energía desde los recursos basales (macrófitos, algas, detritus y microbios asociados) hacia los consumidores superiores de las redes tróficas (vertebrados acuáticos y aves), e integran el principal recurso alimentario para muchas especies de peces. Además, en las últimas décadas son muy utilizados en estudios de monitoreo de los ambientes acuáticos vinculados a la determinación de la calidad de las aguas. Este tema se ha aplicado principalmente a estudios ecológicos en reservas naturales administradas por la provincia de Buenos Aires.