Heynemann había nacido el 5 de abril del 1858 en Frankfurt del Mein, Alemania. Sus padres fueron David Friedrich Heynemann (1829-1904) y Ana Emilie Elisabeth Bauer (1835-1910), quienes habían contraído enlace en Frankfurt el 2 de marzo de 1857. David F. Heynemann era un personaje múltiple en Frankfurt. Próspero comerciante, eminente malacólogo y pintor, tuvo participación destacada como donante y zoólogo en el famoso museo de Ciencias Naturales de la Fundación Senckenberg en dicha ciudad desde la década de 1870. Su hijo Carl realizó sus estudios en la Escuela Politécnica de Stuttgart, concluyéndolos en julio de 1878. Poco después emigró a la Argentina, según tradición familiar como consecuencia de un duelo, radicándose en Buenos Aires.