Las bacterias mesófilas del género Bacillus y otros géneros relacionados son las especies esporuladas que aparecen con mayor frecuencia en muestras de miel. Una misma muestra puede contener más de una especie de este grupo, por lo que el empleo de medios de cultivo semi-selectivos y diferenciales y pruebas microbiológicas posteriores para llegar a una correcta identificación resulta complicada y laboriosa. Por otra parte, si bien la secuenciación completa del gen 16S rDNA permite la identificación de las distintas especies bacterianas presentes en una muestra, secuenciaciones parciales en el caso de especies estrechamente relacionadas pueden resultar en una identificación errónea. El estudio de los polimorfismos por restricción de la longitud de los fragmentos de ADN generados por la digestión de enzimas endonucleasas en combinación con PCR (PCR-RFLP) permite detectar diferencias entre las secuencias de alelos.