La siembra directa es una de las prácticas más importantes y efectivas para controlar la erosión, aumentar la materia orgánica y la fertilidad, mejorar el aprovechamiento del agua, disminuir los costos de producción y preservar el ecosistema. Sin embargo, la acumulación de los rastrojos ocasiona un aumento en el potencial de inóculo de ciertos patógenos hemibiótrofos, si no se implementan medidas de control eficientes. En siembra directa y monocultivo los patógenos hemibiótrofos son más severos, debido a que aumenta el período de supervivencia sobre los rastrojos retenidos en el suelo. El trigo debería ser cultivado en el mismo lote, sólo después de la completa mineralización de los restos culturales. Por eso, el conocimiento del tiempo en que el rastrojo del trigo persiste en el suelo en diferentes prácticas culturales y bajo diferentes ambientes, es de fundamental importancia. El objetivo del presente trabajo fue investigar el tiempo y la influencia del ambiente para una total mineralización del rastrojo de trigo infectado para conducir también el control cultural de la Septoriosis del trigo. Se cuantificó la perdida de peso del rastrojo de trigo, durante tres cuatrimestres continuados y se identificó la población de hongos involucrados en el proceso de la degradación, en monocultivo de trigo, bajo dos condiciones de recultivo( con recultivo de trigo y sin recultivo de trigo), dos sistemas de labranza( Siembra Directa y Labranza Convencional) y dos dosis de fertilizante (0 y 160 Kg.N.H-1). La labranza cero y alta dosis de N en el suelo aumentó la frecuencia de especies microbianas en las capas superficiales del suelo; esto se debió a la acumulación heterogénea de residuos a través del tiempo que produjo alta disponibilidad de nutrientes y acentuada actividad microbiológica de la micota celulolítica. La especie predominante, registrada por la técnica de recuento del agua de lavado del rastrojo fue Bipolares sorokiniana se diferenció significativamente de otros microorganismos tales como Mycosphaerella gramianicola, Stagonospora nodorum, Alternaria grupo infectoria y Fusarium graminearum y F. oxysporum. En cambio Fusarium equisetti fue observado en abundancia en labranza convencional. Con respecto a Fusarium spp, también se encontró una estrecha relación de este género con los restos vegetales, cumpliendo un rol importante en la descomposición del sustrato, junto con Trichoderma spp.. Dentro de este género se encuentran especies muy exitosas en cuanto a su capacidad como agentes biocontroladores de hongos patógenos por lo que se deben intensificar estudios con las nuevas cepas que se aíslen. Se concluye que para asegurarse una siembra futura con una población disminuida de potenciales patógenos para el cultivo, en un sistema de monocultivo de trigo, la condición no disturbada, acelera la descomposición del rastrojo, alcanzando la degradación total a los 13 meses de exposición de las trampas a la Labranza Convencional y las dos dosis de fertilizante; en cambio, en un sistema disturbado, fue necesario esperar 21 meses para que ocurriera esta situación. Se concluyó que las poblaciónes de Mycosphaerella graminicola y Septoria tritici sólo se vieron acrecentadas en el período estival, coincidiendo con la madurez del cultivo del primer año de exposición de las trampas; en el año subsiguiente se registró una merma a través de los tiempos de evaluación alcanzando su desaparición total para la primavera del segundo año.