El objetivo de este trabajo es presentar resultados obtenidos mediante análisis por metagenómica como herramienta novedosa para la identificación taxonómica de hongos y bacterias a partir de biofilms en paredes de arquitectura en tierra (“pau-a-pique”, “taipa de pilão” y adobe), de edificaciones históricas del Vale Histórico Paulista, representativas del período colonial brasileño, Se extrajo el DNA total de los biofilms, que fue amplificado mediante primers específicos para regiones variables de los genes 16S y 18S ribosomal, y luego secuenciado obteniéndose bibliotecas del amplificado. El programa QIIME reveló la diversidad taxonómica en los distintos sustratos. Los géneros más abundantes de bacterias fueron: Aciditerrimonas, Blastococcus, Geodermatophilus, Arthrobacter, Micromonospora, Nocardioides, Propionibacterium, Pseudonocardia, Rubrobacter, Solirubrobacter, Thermoleophilum, Sphingobacterium, Sphaerobacter, Streptococcus, Gemmatimonas, Methylobacterium, Microvirga, Sphingomonas, Massilia, Klebsiella, Acinetobacter, Los géneros más abundantes de hongos: Passalora, Lacazia, Anisomeridium, Poliblastia, Hypocrea, Verrucaria, Caloplaca, Chaetomella, Meyerozima, Humicola, Oxyporus, Coriolopsis, Rhodotorula, Sporidiobolus, Trichosporon, Mucor, Syncephalastrum. Este trabajo es el primer reporte de comunidades microbianas a partir de paredes hechas con técnicas de arquitectura en tierra con el uso de metagenómica.