Durante la fermentación malolática (FML) las bacterias del ácido láctico (BAL) decarboxilan el ácido L-málico transformándolo en ácido L-láctico y contribuyen a la calidad del vino al reducir su acidez y aportar a su aroma y sabor. De este modo, las BAL aportan al terroir característico de cada vino, y su diversidad en el viñedo dependerá de factores como clima, suelo, varietal vínico y prácticas culturales y de vinificación. En la región vitícola bonaerense (Argentina) no existen aún estudios sobre la diversidad microbiológica asociada a suelos, vides, mostos y vinos, conocimiento crucial para seleccionar cepas indígenas con fines enológicos. Para iniciar este análisis se realizó la secuenciación masiva del gen 16S rRNA de muestras de suelo, rizósfera, mosto y vinos de dos bodegas del SO bonaerense (Saldungaray y Al Este, Buenos Aires, Argentina), obteniéndose 123.379 secuencias y 5.323 OTUs. Se observaron índices de diversidad elevados, con diferencias significativas entre muestras de suelo y rizósfera respecto de mosto y vino. Los análisis taxonómicos mostraron como filo mayoritario en suelo y rizósfera a Proteobacteria (especialmente Alphaproteobacteria, con predominancia de Rhizobiales), y en mosto y vino a Proteobacteria, con predominancia de las Alphaproteobacteria Rhodospirillales y Sphingomonadales. Estos hallazgos, constituyen un primer aporte al conocimiento de las comunidades bacterianas de una región vitivinícola en desarrollo y contribuirán a optimizar procesos productivos y prácticas agrícolas sustentables.